Adaletli, faziletli, sabırlı ve yumuşak huylu bir hükümdar olan Berkyaruk, babası Sultan Melikşah’ın, ölümünden sonra veliaht oldu. Ancak, Melikşah’ın âni ölümü üzerine karısı Terken Hatun beş yaşındaki oğlu Mahmud’u sultan ilân ettirmek için harekete geçti. Mahmud’u sultan ilân ettirip adına hutbe okutmayı başardı. Babası öldüğü sırada İsfahan’da bulunan Berkyaruk’u da Emîr Kürboğa vasıtasıyla tutuklattı. Ancak Nizâmülmülk’ün adamları hapishanede bulunan Berkyaruk’u kurtarıp on iki yaşında iken aynı yıl sultan ilân ettiler. Terken Hatun ile Berkyaruk arasında Burûcird şehri yakınlarında meydana gelen savaşta Terken Hatun ağır bir yenilgiye uğrayarak İsfahan’a çekildi. Şehri bir müddet muhasara eden Berkyaruk, kuşatmayı kaldırıp Hemedan’a gitti. Yapılan anlaşmaya göre, Terken Hatun ile Mahmud, İsfahan ve Fars’a hâkim olacak, diğer şehirler Berkyaruk’a bırakılacaktı. Anlaşmaya rağmen, bütün ülkeye hâkim olmak isteyen Terken Hatun, Berkyaruk’un üzerine dayısı Azerbaycan Meliki İsmâil bin Yâkūtî’yi gönderdi. Bu savaşta Terken Hatun'un yenilgisiyle sonuçlandı. Bu zaferden sonra Bağdat’a giden Berkyaruk, Halife Muktedî-Biemrillâh tarafından Rükneddin lakabıyla sultan ilân edildi ve adına hutbe okundu.
Bütün Selçuklu topraklarında devlet otoritesini yerleştirip huzur ve sükûnu sağlayan Berkyaruk, Selçuklu tahtının tek hâkimi olabilmesi için tahtta hak iddia amcası Tâcüddevle Tutuş ile mücadele etti. Tutuş, halifeye elçi göndererek saltanatının onaylanmasını istedi. Halife reddetti, ancak o mücadelesini sürdürdü. Daha sonra, Terken Hatun ile iş birliği yaparak Berkyaruk’un üzerine yürüdü. Bu savaşta yenildi ve İsfahan’a sığınmak zorunda kaldı. Mahmud, çiçek hastalığına yakalanıp ölünce emîrler de Berkyaruk'un tarafına geçtiler. Ertesi yıl Tutuş, Berkyaruk ile yaptığı ikinci savaşta yenildi ve öldürüldü. Böylece Berkyaruk, tüm engelleri aşmış oldu. Vereme yakalanan Berkyaruk, bir sedye içinde İsfahan’dan Bağdat’a götürülürken yolda ağırlaştı ve hayatından umut kesince emîrleri yanına çağırıp beş yaşındaki oğlu Melikşah’ı veliaht, Emîr Ayaz’ı da ona atabey tayin etti. Oğlunu, emîrlerin himayesinde Bağdat’a gönderirken, kendisi de İsfahan’a dönmek üzere yola çıktı ve Burûcird yakınlarında öldü. Cenazesi İsfahan’a götürülerek atalarının gömülü olduğu türbede defnedildi, yerine oğlu Melikşah geçti.